A los 17 años se matriculó en el prestigioso University College de Londres donde se graduó en 1939, apenas unos meses antes del estallido de la Segunda Guerra Mundial. Durante la contienda se encargó del mantenimiento del Observatorio de la Universidad de Londres, desde donde aprovechó los frecuentes apagones para llevar a cabo las observaciones astronómicas de su tesis doctoral. Margaret se especializó en un tipo peculiar de estrellas variables, llamadas estrellas Be, de las cuales la más brillante era gamma Cassiopeiae. Pasó muchas horas en soledad acurrucada en la estrecha escalera de la cúpula del telescopio reflector del observatorio, mientras escuchaba caer las bombas alemanas muy cerca de ella. En sus notas dejó constancia de estos bombardeos que asediaban la ciudad cada noche. Sin embargo, a pesar de las difíciles condiciones se sentía feliz de poder dedicarse a su gran pasión.
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